"""
run_track1.py

Local Track 1 runner entrypoint for renunney.
"""

from __future__ import annotations

import argparse
from pathlib import Path
import sys

REPO_ROOT = Path(__file__).resolve().parents[1]
SRC_DIR = REPO_ROOT / "src"
if str(SRC_DIR) not in sys.path:
    sys.path.insert(0, str(SRC_DIR))

from renunney.track1_api import Track1RunConfig, load_config, run_config, save_payload


def build_parser() -> argparse.ArgumentParser:
    parser = argparse.ArgumentParser(description="Run Track 1 cost-of-substitution experiments.")
    parser.add_argument("--mode", choices=["simulate", "report", "threshold", "search", "loci_regression", "extinction_dataset", "extinction_fit"], default="simulate")
    parser.add_argument("--config", type=str, default=None)
    parser.add_argument("--K", type=int, default=5000)
    parser.add_argument("--N0", type=int, default=500)
    parser.add_argument("--n", type=int, default=1)
    parser.add_argument("--u", type=float, default=5.0e-6)
    parser.add_argument("--M", type=float, default=None)
    parser.add_argument("--R", type=float, default=10.0)
    parser.add_argument("--T", type=int, default=300)
    parser.add_argument("--epochs", type=int, default=8)
    parser.add_argument("--p", type=float, default=0.5)
    parser.add_argument("--a-max", dest="a_max", type=int, default=None)
    parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)
    parser.add_argument("--runs", type=int, default=20)
    parser.add_argument("--t-start", type=int, default=50)
    parser.add_argument("--t-stop", type=int, default=500)
    parser.add_argument("--t-step", type=int, default=10)
    parser.add_argument("--t-values", type=str, default=None)
    parser.add_argument("--loci-values", type=str, default=None)
    parser.add_argument("--cache-path", type=str, default=None)
    parser.add_argument("--jobs", type=int, default=1)
    parser.add_argument("--report-dir", type=str, default=None)
    parser.add_argument("--dataset-dir", type=str, default=None)
    parser.add_argument("--run-rows-path", type=str, default=None)
    parser.add_argument("--output", type=str, default=None)
    return parser


def config_from_args(args: argparse.Namespace) -> Track1RunConfig:
    loci_values = None
    if args.loci_values:
        loci_values = [int(part.strip()) for part in args.loci_values.split(",") if part.strip()]
    t_values = None
    if args.t_values:
        t_values = [float(part.strip()) for part in args.t_values.split(",") if part.strip()]
    return Track1RunConfig(
        mode=args.mode,
        K=args.K,
        N0=args.N0,
        n=args.n,
        u=args.u if args.M is None else None,
        M=args.M,
        R=args.R,
        T=args.T,
        epochs=args.epochs,
        p=args.p,
        a_max=args.a_max,
        seed=args.seed,
        runs=args.runs,
        t_start=args.t_start,
        t_stop=args.t_stop,
        t_step=args.t_step,
        t_values=t_values,
        loci_values=loci_values,
        cache_path=args.cache_path,
        jobs=args.jobs,
        report_dir=args.report_dir,
        dataset_dir=args.dataset_dir,
        run_rows_path=args.run_rows_path,
    )


def main() -> int:
    parser = build_parser()
    args = parser.parse_args()

    if args.config:
        config = load_config(args.config)
    else:
        config = config_from_args(args)

    payload = run_config(config)
    import json

    rendered = json.dumps(payload, indent=2, sort_keys=True)
    if args.output:
        save_payload(payload, Path(args.output))
    print(rendered)
    return 0


if __name__ == "__main__":
    raise SystemExit(main())